В 1949 году Совет Министров СССР принял постановление «О мерах помощи сельскому хозяйству Амурской области». Одним из его пунктов было решение о создании в 1950 году в Благовещенске сельскохозяйственного института. 13 августа 1949 года был издан приказ Министерства высшего образования СССР за №1058 «Об организации Благовещенского сельскохозяйственного института». Несмотря на организационные сложности, вуз был открыт в срок.
Первоначально институт имел три факультета: агрономический, зоотехнический и механизации сельского хозяйства. На обучение в 1950 году было принято 172 человека, приехавших со всего Дальнего Востока, из них 15 поступили на второй курс агрономического факультета. Учебный процесс осуществляли девять кафедр, на которых работали 23 преподавателя.
В 1954 году дипломы о высшем образовании по специальности «Агрономия» получили 15 человек, а в 1955 году было выпущено 155 инженеров-механиков, ученых-агрономов и ученых-зоотехников. Молодые специалисты получили распределение по Дальнему Востоку, Сибири и Уралу. Многие из первых выпускников посвятили свою жизнь работе на кафедрах института.
Важнейшим направлением развития вуза на протяжении всей его истории являлась постоянное расширение номенклатуры специальностей, по которым велась подготовка студентов. Открытие новых факультетов обуславливалось практическими потребностями развития аграрного сектора экономики Дальнего Востока и осуществлялось по мере роста материальной и кадровой базы БСХИ. Уже в 1963 году институт пополнился двумя новыми факультетами: ветеринарным и экономическим. С 1956 года работает факультет заочного обучения. В 1966 году открывается факультет повышения квалификации. В 1979 году начинается подготовка специалистов сельскохозяйственного строительства. В 1985 году выделяется самостоятельный факультет бухгалтерского учета, в 1986-м – открывается отделение электрификации сельского хозяйства. С 1991 года ведется подготовка специалистов по переработке сельскохозяйственной продукции. Благовещенский сельскохозяйственный институт стал крупнейшим сельскохозяйственный вузом Дальнего Востока.
Утверждением первой плановой темы научной работы института в 1952 году было положено начало систематическим научным исследованиям. По мере развития вуза расширялась и их тематика. В 1965 году создается проблемная научно-исследовательская лаборатория по зоофитопаразитологии, в 1968 году – по машинам высокой проходимости, которые решали конкретные проблемы сельскохозяйственного производства в Амурской области. Под руководством доцента Я.М. Одноконя велись работы, связанные с селекцией новых сортов яровой пшеницы. Активизации научных исследований способствовало открытие в 1962 году собственной аспирантуры. С 1970-х годов БСХИ – признанный крупный сельскохозяйственный научный центр на Дальнем Востоке. Экономический эффект от внедрения результатов НИР в 1978 году составил 2412 тысяч рублей. В 1980-е годы ученые института активно включились в решение вопросов производства продуктов земледелия и животноводства в зоне БАМа.
Приказом Государственного комитета Российской Федерации по высшему образованию от 5 июля 1993 года за №55 «О переименовании государственных высших учебных заведений» Благовещенский сельскохозяйственный институт переименован в Дальневосточный государственный аграрный университет.
В 1990-е годы продолжается ввод в строй новых учебных объектов. Завершается строительство корпусов технологического института, военного факультета, общежития для преподавателей и сотрудников на 120 семей. Все эти работы выполнялись за счет собственных средств, заработанных вузом.
Сегодня в университете 25 учебных корпусов и 7 общежитий, библиотека, 3 музея, учебный комбинат общественного питания, мастерские, площадка для учебного вождения, учебно-опытное поле, виварий, спортивно-оздоровительный центр, создающие благоприятные условия для успешной учебы и научной работы.
Университет постоянно актуализирует перечень специальностей, по которым ведется подготовка студентов, обеспечивая конкурентоспособность своих выпускников на рынке труда. Если в 1993 году в его стенах велось обучение по 19 специальностям, то за период 1994-1999 годов были открыты еще 11 специальностей высшего профессионального образования. С 2011 года вуз полностью перешел на уровневую систему обучения – бакалавриат и магистратура. Сегодня в Дальневосточном ГАУ проводится подготовка по более чем 20 направлениям бакалавриата и более 10 направлениям магистратуры. В 2018 году, в целях удовлетворения потребности агропромышленного комплекса региона в специалистах среднего профессионального звена, создан факультет среднего профессионального образования, осуществляющий обучение по 12 образовательным программам.
Научно-исследовательская деятельность вуза охватывает все сферы агропромышленного комплекса Дальневосточного региона. В перечень приоритетных направлений исследований ученых входят:
- селекция зерновых и плодово-ягодных культур;
- ветеринарное благополучие;
- научно-практическое обоснование технологии кормления сельскохозяйственных животных применительно к природно-климатическим условиям Приамурья;
- совершенствование организационно-экономического механизма функционирования АПК;
- разработка и внедрение инновационных технологий и технических средств в сельскохозяйственном производстве и перерабатывающей промышленности.
В начале нового столетия идет динамичное развитие университета. В 2000 году организован филиал в городе Биробиджане Еврейской автономной области. В 2001 году создан институт леса. В 2003-м, в результате объединения факультетов заочного обучения и повышения квалификации, образован Институт повышения квалификации. В этом же году начинает работу Центр информационных технологий, помогающий вузу быть в ногу со временем. Для организации внеучебной деятельности со студентами создан отдел по воспитательной работе. Основными задачами его являются: пропаганда здорового образа жизни, адаптация первокурсников к новым условиям жизни и учебы, социально-психологическая помощь студентам, гражданско-патриотическое воспитание, художественное самодеятельное творчество.