При вузе действует колледж Медицинский колледж при Южно-Уральском государственном медицинском университете.
Новые возможности развития дала клинике программа модернизации государственных учреждений, находящихся в ведении Минздрава Российской Федерации.
В 2010 году в академии был открыт центр практических навыков. В его оснащение современным электронным и фантомным оборудованием были вложены значительные внебюджетные средства. Со временем в центре практических навыков будет организован сквозной курс для всех студентов.
Наряду с качественной подготовкой специалистов важнейшим приоритетом университета является наука. Подготовка высококвалифицированных научно-педагогических кадров осуществляется через аспирантуру по 24 специальностям. Открыта докторантура для подготовки докторов медицинских наук по 2 специальностям. Работают 3 диссертационных совета. Университет (ЧелГМА) в 1998 году выступил одним из соучредителей Южно-Уральского научного центра Российской академии медицинских наук.
На сегодняшний день педагогический состав университета представлен 687 преподавателями, среди них 155 докторов наук, 362 кандидатов наук. Ученую степень имеют 517 сотрудников, что составляет 75,3 процента. Среди профессорско-преподавательского состава — академики РАН А. В. Важенин, И. И. Долгушин, член-корреспондент РАН В. Л. Коваленко, 7 заслуженных деятелей науки Российской Федерации, 20 заслуженных врачей Российской Федерации.
В структуре вуза 55 кафедр, Центральная научно-исследовательская лаборатория, НИИ иммунологии, научная библиотека с фондом более 700 000 единиц документов и научных изданий, анатомический музей, издательская служба, центр практических навыков, аккредитационно-симуляционный центр.
В соответствии с решением ученого совета вуза на базе ЧелГМА, ЦНИЛ и клиники профессор И. И. Долгушин создал НИИ иммунологии с целью координации исследований в области иммунологии и аллергологии, повышения качества научных исследований и внедрения их результатов в практическое здравоохранение.
В июле 2001 года на базе кафедры иммунологии и клинической аллергологии и Челябинского областного клинического госпиталя для ветеранов войн была создана лаборатория нейроиммунологии Екатеринбургского филиала Института экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения РАН, которую возглавила заведующая кафедрой заслуженный деятель науки Российской Федерации, профессор С. Н. Теплова.
ЧелГМА выступила одним из соучредителей Южно-Уральского научного центра популяционного здоровья (ЮУЦПЗ) РАМН, созданного в марте 2002 года. Партнерами по сотрудничеству, способствующему развитию основных направлений деятельности ЮУЦПЗ, являются: Государственный научно-исследовательский центр профилактической медицины Минздрава РФ (ГНИЦ МЗ РФ), Университет McGill (Монреаль, Канада), российские и международные центры программы ВОЗ—CINDI (Countrywide Integrated Noncommunicable Disease Intervention).